Die römisch-katholische Nebenkirche St. Thomas in Thomaszell, einem Gemeindeteil der Stadt Rottenburg an der Laaber im niederbayerischen Landkreis Landshut, ist eine kleine, barocke Saalkirche mit Zwiebelturm, die im 18. Jahrhundert erbaut wurde. Ein Vorgängerbau ist bereits im 16. Jahrhundert belegt. 1884 wurde der neue Kreuzweg geschaffen. 1913 und 1982 wurden Reparaturarbeiten am Turm durchgeführt, unter anderem 1966 wurde die Kirche außen renoviert.